Omstreeks 1150 moet op de plaats van het huidige gebouw een Romaanse kerk zijn gebouwd die bestond uit een toren, een schip (zander zijbeuken) en een koor. De toren, ruim 28 meter hoog en geheel uit tufsteen opgetrokken, heeft de eeuwen overleefd en is nu dus ongeveer 850 jaar oud. Het schip en het koor, die oorspronkelijk kleiner en lager waren, zijn rond 1425 vervangen door het huidige Gotische bouwwerk, dat aan de bestaande toren werd vastgebouwd.

Men vermoedt dat daarbij eerst het oude koor gesloopt is en dat de daarvan afkomstige tufsteen gebruikt is voor de buitenbekleding van de muren van het nieuwe koor. Voor de binnenzijde van de muren werden bakstenen gebruikt.

Nadat het nieuwe koor voltooid was, brak men het oude schip af, bouwde twee zuilenrijen op de plaats van de oude muren en gebruikte de vrijgekomen tufsteen weer voor het bekleden van de buitenmuren van het nieuwe schip. Ook hier is de binnenzijde van de muren van baksteen. Deze vreemde combinatie van materialen (tufsteen werd in de twaalfde eeuw nog gebruikt, baksteen vanaf de vijftiende eeuw) en nog andere bouwkundige aanwijzingen vormen de basis voor bovenstaande theorie. Het onderhoud van het kerkgebouw is in de loop der eeuwen niet altijd optimaal geweest. Grote zorgen baarden met name steeds weer het dak en de goten. Rond 1815 was de kerk zo vervallen dat men ernstig overwogen heeft het gebouw maar af te breken. In 1822 werd van het Hoogheemraadschap van de Zeedijk beoosten Muiden een zeildoek geleend om er een groot gat in het dak mee te bedekken. In 1834 werd een deel van het interieur verwoest door een brand onder het orgel. En in 1920 was de preekstoel niet te gebruiken als het regende: het hemel-water viel er vrijelijk op neer. Door vele ingrijpende reparaties en restauraties (waarvan driemaal in deze eeuw: 1921-1928: restauratie torenspits, consistoriekamer en interieur, 1971-1975: exterieur en orgel en 1994-1999: dakbedekking en interieur) is het kerkgebouw dankzij subsidies en bijdragen van kleine luiden voor het nageslacht bewaard.

De Romaanse boog aan de westelijke voet van de toren is de oorspronkelijke ingang tot de kerk geweest. AI vrij kort nadat de toren gebouwd was, kreeg men last van drassigheid als gevolg van de stijgende grondwaterstand en werd deze ingang grondig dichtgemetseld. Pas in 1925 ontdekte men tijdens de restauratie het bestaan ervan. De boog werd weer zichtbaar gemaakt, maar de huidige hoofdingang, die in de vijftiende eeuw werd aangebracht, werd gehandhaafd.

In de toren bevinden zich twee klokken uit 1525, "Sancte Niclaes" en "Sancte Katrina", die gegoten zijn door Hendrick de Barch. Het smeedijzeren uurwerk, dat op de slinger na nog origineel is, dateert uit 1653.

In de kerk bevindt zich veel antiek eikenhouten meubilair. In de preekstoel met lezenaar zijn o.a. leeuwenkoppen en het oude wapen van Muiden uitgesneden.

Het doophek is versierd met bladwerk, scheepjes, vogels en druiventrossen. Op een van de banken staat hetjaartaI1647.

Zoals alle oude Middeleeuwse kerken is ook de Grote of Sint Nicolaaskerk gericht naar het Oosten. Dat is niet louter een zaak van kompas, het is ook een geestelijke zaak: in het Oosten ging het Licht der wereld op.

Bij de herinrichting 1994-1999 is de opstelling van banken en stoelen dan ook zo gekozen dat de gemeente letterlijk en figuurlijk uitzicht heeft op het Licht. In de koorramen bevinden zich twee wapenruitjes. In het ruitje links is het huidige wapen van Muiden te zien, blauw met een witte baan, met als wapenhouders een meerman en een meermin. Rechts het oude stadswapen: een vissersschuit tussen twee torens. Op beide ruitjes het jaartal1646. Boven de hoofdingang hangt een wandbord dat een zeven maanden durende pestepidemie in het jaar 1602 herdenkt, waarbij 650 van de toen ongeveer 900 inwoners van Muiden omkwamen. Onder het orgel bevinden zich twee met kunstig beeldhouwwerk versierde P.C. Hooftborden met het jaartal1647, links het bord van Hooft zelf, met bovenaan zijn wapen en rechts het bard van Hoofts tweede vrouw Heleonora Hellemans. Verder in de kerk o.a. het tiengebodenbord, de predikantenborden en drie psalmbordjes uit de 17e of 18e eeuw, met een zeer fraai wapen van Muiden. In 1923 is onder de toenmalige pleisterlaag een aanta! muurschilderingen ontdekt en blootgelegd. Door een verkeerde behandeling en door vochtinwerking zijn deze helaas sterk achteruitgegaan.

In de vloer bevindt zich een groot aantal zerken, daterend uit 1500 tot 1834, een periode waarin de overledenen in of naast de kerk werden begraven. Het is onmogelijk in kort bestek alle bijzonderheden te noemen. Een aandachtige rondgang kan daarom nog veel verrassingen opleveren; van een voorstelling van het Lam Gods in het torenportaal tot gesneden koppen in het koorgewelf.

Ook over de aller-oudste geschiedenis van het orgel is weinig bekend. (www.hetoudsteorgelvanhetgooi.nl) Als bouwjaar wordt 1661 genoemd; kwitanties uit 1675 en 1684 wijzen naar orgelbouwer Jan SIegel. Grote schade werd op 13 april 1834 door brand en bluswater aan het orgel toegebracht. Orgelbouwer J.H. Knipscheer heeft de reparaties verricht. Na vele soms ruwe ingrepen is het orgel bij de grondige restauratie in 1975 door orgelbouwer Blank weer teruggebracht naar de toestand van 1835. In 2011 is het orgel opnieuw gerestaureerd. Vanuit de kerk is fraai houtsnijwerk zichtbaar, o.a. het oude en het huidige wapen van Muiden en een ananas als bekroning van de middentoren. Het schitterende geluid is helaas alleen hoorbaar als "het orgel speelt".